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中國科學院數學與系統科學研究院成立于1998年12月，是由中科院數學研究所(建于1952年)、應用數學研究所(建于1979年)、系統科學研究所(建于1979年)及計算數學與科學工程計算研究所(建于1995年)等四個研究所整合而成。